کمپانی گیگابایت از استفاده تکنولوژی Intel® Thunderbolt™3 در یک مادربرد X99 برای اولین بار در جهان رونمایی کرد. Intel® Thunderbolt™3 که سریع‌ترین پروتکل اتصالی در جهان است از طریق یک پورت USB Type-C™ در پنل پشتی مادربرد X99P SLI قابل دسترس است. این تکنولوژی باعث فراهم گردیدن پهنای باند 40Gb/s شده که برای اولین بار در مادربردهای X99 شاهد آن هستیم.
با پهنای باند 40Gb/s اکنون امکان استفاده از قابلیت‌های جدیدی برای علاقه‌مندان فراهم می‌شود که از جمله آن‌ها می‌توان به استفاده از GPU boxهای مجزا، درایوهای چهارگانه M.2 و درایوهای توسعه U.2 اشاره کرد.
یکی از مهم‌ترین مزیت‌های Thunderbolt™3، قابلیت انتقال سیگنال‌های ویدئویی است اما از آن جایی که پردازنده‌های پلتفرم X99 دارای پردازشگر داخلی گرافیک (IGP) نیستند، برای استفاده از این قابلیت باید از راهکاری استفاده می‌شد، تا کنترلر Thunderbolt به کارت گرافیک مجزا متصل شود. به همین جهت، یک پورت input از نوع DisplayPort در پنل پشتی این مادربرد تعبیه شده تا با اتصال کارت گرافیک به آن با یک کابل (که در جعبه مادربرد موجود است) بتوان از طریق پورت Thunderbolt تا سقف 6 عدد دستگاه را تغذیه کرد.
