بسیاری از مدل‌های آیفون ۶S مشکل باتری دارند. به گفته اپل، این مشکل می‌تواند به دلیل هوای اضافی در طول فرآیند ساخت باشد. پیامد این مشکل به این صورت است که باتری به شارژ ۳۰ درصد رسیده و فورا خالی شده و گوشی را خاموش می‌کند. از طرفی اتصال باتری به یک منبع خارجی، شارژ آن را فورا به ۳۰ درصد می‌رساند. به گفته اپل، تنها بعضی از مدل‌های خاص دچار این مشکل شده‌اند و باتری آن‌ها بصورت رایگان تعویض می‌شود.
با توجه به نگرانی‌های اخیر، مسئولین کره‌ای به دنبال راه حلی برای مشکل باتری‌های موبایل، موسوم به Batterygate issue هستند. یکی از کاربران، عکسی از آیفون ۶S خود را پس از انفجار در اینترنت منتشر کرده است. او گفته پس از جدا کردن اتصال سیم از شارژر، هنوز شاهد شارژ موبایل خود بوده است. در این لحظه دودی از دستگاه خارج شده و شعله‌های آتش نیز به همراه آن مشاهده شده است. کاربر پس از مشاهده این اتفاق، گوشی خود را به روی زمین پرتاب کرده است. هنوز هیچ اطلاعاتی مبنی بر تصمیم مالک این گوشی برای تماس با اپل یا با وکیل خود منتشر نشده است. وی همچنین به آسیب‌های وارد شده به خود، اشاره نکرده است.
